Vzhledem k své poloze je obec Horní Počaply zasažena při každé povodni na Labi dosahující alespoň úrovně Q20. V nedávné historii se tudíž musela obec vypořádat s rozsáhlými škodami při povodních v roce 2002 a 2013. Zejména bezprecedentní povodeň v roce 2002 přinesla zatopení velké části území obce.
Srpen 2002
Povodně se v první vlně projevily především v jižních a západních Čechách v období mezi 7. 8 až 11. 8. 2002. V první vlně nedošlo k výraznějšímu vzestupu hladiny Labe pod soutokem s Vltavou, důležitou roli zde sehráli kapacity Vltavské kaskády, která transformovala povodňovou vlnu tak, že se na Labi výrazněji neprojevila. Nicméně první intenzivní srážkové období nasytilo retenční kapacitu povodí i přehrad, takže při druhé povodňové vlně mezi 12. 8 a 16. 8. 2002 se již přírodní katastrofa projevila naplno.
Vltava kulminovala v Praze 14. 8. 2002 na hodnotě 5 160 m3/s, což představuje povodeň hodnoty přibližně Q500. Ke kulminaci Labe v zájmovém území obce došlo po poledni ve čtvrtek 15. 8. 2002 při průtoku dosahující Q250 až Q500 (profil Mělník hlásil 1066 cm a průtok 5050 m3/s). Situaci krom vysokého vodního stavu komplikoval na Mělnicku též únik chloru z neratovické Spolany.
V obci Horní Počaply došlo k zaplavení obytných domů v místní části Křivenice, areálu Elektrárny Mělník, areálu dýhárny Danzer-Bohemia, areálů ČOV Luh i Horní Počaply, celé řady obytných domů přímo v Horních Počaplech, sportovního areálu, kulturního domu, potravin, příjezdových komunikací a celé řady dalších objektů. Na území obce nebyla zaplavena železnice, nicméně její provoz byl stejně přerušen vzhledem ke stavu v přilehlých oblastech. Voda zaplavila úplně či částečně zhruba polovinu budov v celé obci, došlo k evakuacím, následné škody byly enormní a jejich odstraňování trvalo celé měsíce.
Červen 2013
Povodně v červnu 2013 byly způsobeny několika vlnami vydatných srážek, které zasáhly zejména Čechy a částečně Moravu, a řadou případů lokálních přívalových srážek v bouřkách. Rozvodněny byly vodní toky v celém povodí Vltavy, značné části povodí Labe a okrajově rovněž v povodí Dyje. Velikost odtoku za povodně byla značně ovlivněna velmi silným nasycením území a srážkami, které spadly v poslední dekádě května. V průběhu šestidenní srážkové epizody 29. 5. – 3. 6. 2013 spadly nejintenzivnější srážky ve dnech 1. a 2. 6., respektive během 24 hodin od 1. 6. 15:00 do 2. 6. 15:00. Došlo k rozvodnění celé řady menších toků, jak v povodí Vltavy, tak v povodí Labe. Na úseku Vltavy nad soutokem s Labem došlo k rozlivům a zpětnému vzdutí hladiny Labe. Přítok z horního toku Labe byl na soutoku s Vltavou oproti povodni v srpnu 2002 zhruba o 200 m 3/s větší, maximální přítok z Vltavy byl cca o 2000 m3/s menší. Na profilu Mělník bylo dosaženo povodně Q50 s hodnotami vodního stavu 936 cm a průtoku 3640 m3/s.
Též v obci Horní Počaply se povodňová událost z června 2013 neprojevila tak katastroficky jako ta z roku 2002. Ke kulminaci Labe v obci došlo ve středu 5. 6. 2013, kdy byla obec částečně zaplavena, zejména domy podél místních komunikací směřujících k Labi. Povodeň nezasáhla průmyslové areály dýhárny a Elektrárny Mělník, naopak znovu zasaženy byly ČOV Horní Počaply i Luh.